使用多变量二次结构估计(SSE)程序

介绍

CD测量揭示了关于蛋白质的二级结构或骨架构象的信息。确定生物分子的二级结构含量可以阐明结构和功能之间的关系或验证蛋白质稳定性。JASCO的多变量二次结构估计(SSE)程序可用于分析CD数据,以便为研究人员提供更多的定量结构估计。大量样品可以使用高通量CD(HTCD)系统和多变量SSE程序自动测量和有效分析。

本应用笔记展示了使用多变量SSE程序的8种蛋白质的二级结构结果。

Jasco J-1500圆二色性光谱仪

J-1500CD光谱仪

**词

二级结构估计,圆二色性,HTCD,多变量,生物化学,制药

实验

测量条件

数据采集​​间隔 0.1nm 响应时间 2秒
光谱带宽 1nm 扫描速度 100nm / min
积累 2次 路径长度 1毫米

结果

在获得序列测量之前,**指定路径长度和平均残基摩尔浓度,以便可以自动计算二级结构估计的光学常数(图1)。

指定路径长度和平均残留摩尔浓度
图1.多变量参数设置指定路径长度和平均残留摩尔浓度

对于具有不同二级结构组成的八个0.1mg / mL蛋白质样品,获得远UV区域中的CD测量,并且显示在图2中。

CD光谱的八个蛋白质

图2.蛋白质样品的CD光谱

使用PLS多变量方法从图1中的蛋白质光谱估计二级结构。表1将这些结果与X射线晶体学数据进行比较。图3显示了JWMVS程序中设置的二级结构结果。

表1.多变量SSE结果与X射线晶体学数据的比较

 

     螺旋(%)  板(%) 转动(%)   其他(%)
 溶菌酶(Lyz)  PLS  42.8  0.4  24.4  32.4
 X射线  41  4  19  35
 细胞色素C(CytC)  PLS  42.6  3.1  18.1  36.2
 X射线  42  8  9  42
 伴刀豆球蛋白A(ConA)  PLS  5.1  44.6  13.9  36.4
 X射线  2  36  12  49
 β-乳球蛋白  PLS  17.8  35.5  12.3  34.4
 X射线  13  34  13  41
 胰蛋白酶抑制剂  PLS  13.9  25.3  17.3  43.5
 X射线  2  33  10  55
 核糖核酸酶A(RNaseA)  PLS  21.5  14.7  22.4  41.4
 X射线  22  19  11  48
 人血清白蛋白(HSA)  PLS  66.8  1.3  8.2  23.7
 X射线  72  0  8  20
 血红蛋白(Hb)  PLS  61.1  0  18  20.9
 X射线  75  0  10  15

1 WC Johnson,Proteins:Structure,Function,and Genetics(1999),35,307-312。
2 PDB:胰蛋白酶抑制剂:1ba7(DSSP),HAS:1bm0(DSSP)

图。 3使用多变量SSE程序的结果

图3.使用多变量SSE程序设置的结果

结论

本应用笔记说明了在CD测量后获得的二级结构数据中使用多变量SSE程序。PLS方法与通过X射线晶体学获得的二次结构结果显示良好的一致性。